Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM: nỗ lực giải mã gene COVID-19

Theo những thông tin từ ngành y tế đến lúc này, biến chủng Omicron với 36 đột biến gene, có tốc độ lây lan gấp 5 lần biến chủng Delta và càng nóng bỏng hơn khi Việt Nam lần đầu tiên ghi nhận ca mắc COVID-19 nhập cảnh thuộc biến chủng Omicron.

Các chuyên gia làm việc tại phòng lab, khoa xét nghiệm Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM - Ảnh: DUYÊN PHAN

Vì thế tại Việt Nam, đang có những cuộc chạy đua giải mã trình tự gene ca mắc COVID-19 từ các phòng thí nghiệm khắp nơi trong cả nước với mục tiêu nhận diện sớm nhằm có giải pháp ứng phó trước biến chủng nguy hiểm này.

Với chúng tôi, sự căng thẳng về thời gian và độ chính xác là có thừa. Nhưng với vai trò của người làm khoa học, chúng tôi phải có trách nhiệm giải mã để cung cấp thông tin nhanh nhất, chính xác nhất cho chương trình chống dịch của Việt Nam và thế giới.

PGS.TS Lê Văn Tấn

Tỉ mỉ và chính xác

Phòng sinh học phân tử, tầng 1, khu xét nghiệm Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM quá giờ trưa, các chuyên gia trong bộ đồ bảo hộ vẫn miệt mài với từng khay đựng chai lọ chứa mẫu bệnh phẩm, chăm chú theo dõi hệ thống xét nghiệm, sổ sách, ghi chép. Đây được xem là nơi "bất khả xâm phạm", là "trái tim" của phòng thí nghiệm, đã phân tích và công bố nhiều thông tin nóng hổi về các biến chủng của nhiều loại virus, trong đó có SARS-CoV-2. 

"Làm ở trong phòng thí nghiệm là thế, có những quy trình phải làm liên tục để kịp hoàn thành, bất kể giờ giấc" - PGS.TS Lê Văn Tấn, trưởng nhóm nghiên cứu các bệnh nhiễm trùng mới nổi (thuộc đơn vị nghiên cứu lâm sàng ĐH Oxford - OUCRU) đóng tại Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM, chia sẻ.

Ít ai nghĩ rằng bên trong phòng thí nghiệm có vẻ yên ắng ấy, đang có một cuộc đua truy tìm biến chủng Omicron, trước đó là Alpha, Delta... ThS Nghiêm Mỹ Ngọc - phụ trách bộ phận chẩn đoán sinh học phân tử - chia sẻ từ đầu năm 2020 đến nay việc giải mã trình tự gene của chủng virus SARS-CoV-2 đã được bệnh viện và OUCRU kết nối mật thiết, thông qua việc chia sẻ các thông tin về mẫu bệnh phẩm, chỉ số tải lượng virus. Cũng nhờ đó đã phát hiện nhiều chủng virus mới đang lưu hành, cung cấp thông tin chính xác cho ngành y tế chủ động các giải pháp ứng phó với dịch bệnh.

Còn TS Tố Anh - thành viên đắc lực của nhóm giải mã trình tự gene - chia sẻ thời gian qua nhóm vẫn theo dõi sát sự biến đổi của biến chủng Delta với rất nhiều nhánh phức tạp. Và khi Omicron xuất hiện ở nhiều nơi, các thành viên trong nhóm nghiên cứu lại tiếp tục gánh thêm một công việc là tập trung phân tích giải mã gene từ các mẫu bệnh phẩm được chuyển đến. TS Tố Anh nói thông thường, công việc giải mã trình tự gene vốn đã áp lực, nay đối diện với nhiều loại biến chủng mới, đặc biệt Omicron nên áp lực lại càng tăng cao.

Trước một biến chủng mới được mệnh danh là "siêu lây nhiễm", vị tiến sĩ trẻ tuổi này nói rằng đòi hỏi "người trong cuộc" phải thực hiện các quy trình hết sức cẩn thận, tỉ mỉ; phải dựa vào các dữ liệu trên ngân hàng gene của SARS-CoV-2. Việc này hoàn toàn khác với việc phân tích mẫu cộng đồng, có thể chia theo tuần và kết quả không quá gấp. Nhưng với các mẫu nhập cảnh thì khác, đặc biệt trong bối cảnh giám sát Omicron đòi hỏi phải làm gấp, có khi phải hoàn thành báo cáo kết quả trong vòng một ngày.

Trong khi đó theo PGS-TS Lê Văn Tấn, đặc thù của giải mã trình tự gene là rất nhạy cảm với các tham số, nếu sai có thể sẽ đổ bể cả một quá trình và phải làm lại từ đầu.

PGS.TS Lê Văn Tấn, trưởng nhóm nghiên cứu các bệnh nhiễm trùng mới nổi (thuộc đơn vị nghiên cứu lâm sàng ĐH Oxford - OUCRU) - Ảnh: DUYÊN PHAN

Giải mã trên 700 bộ gene

PGS Tấn chia sẻ rằng không phải đến lúc có dịch COVID-19 việc giải mã gene mới được áp dụng, nhiều năm nay việc này đã được ứng dụng khá phổ biến vào nghiên cứu bệnh truyền nhiễm. Do đó giải mã gene được các thành viên trong nhóm làm rất thành thục và dường như đã "ăn sâu vào các kỹ năng".

"Việc giải mã gene hiện nay được chúng tôi thực hiện bằng công nghệ thế hệ mới, do đó về chất lượng đảm bảo theo tiêu chuẩn quốc tế. Kết quả có được ngoài đăng tải trên các tạp chí quốc tế, nhóm nghiên cứu còn chia sẻ trên hệ thống các trình tự gene SARS-CoV-2 nhằm giúp cộng đồng thế giới tìm hiểu đặc tính của virus thay đổi ra sao theo thời gian và các vùng khác nhau" - PGS Tấn chia sẻ.

Tuy áp lực không nhỏ, nhưng lực lượng chuyên gia trực tiếp tham gia giải mã gene của các biến chủng COVID-19 hiện khá khiêm tốn, chỉ khoảng 7 người. Họ cùng lúc đảm bảo thực hiện hai chiến lược, bao gồm phối hợp với Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TP.HCM (HCDC) giải mã gene của người nhập cảnh dương tính và các ca mắc trong cộng đồng có tải lượng virus cao. Việc giải mã gene, theo ông là công cụ, cũng là một trong các chiến lược của Tổ chức Y tế thế giới (WHO). Có nghĩa là đối với dịch COVID-19, bên cạnh việc xét nghiệm, điều trị thì cần thiết phải giải mã gene. Chỉ thông qua việc giải mã trình tự gene, con người mới hiểu được đặc tính của virus, các biến đổi di truyền và mức độ ảnh hưởng để có chiến lược ứng phó.

PGS Tấn kể thêm từ những tháng đầu của năm 2020 khi dịch COVID-19 xâm nhập vào Việt Nam (đầu tiên là cha con người Trung Quốc), OUCRU đã cùng với Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM xây dựng quy trình giải mã gene. Và cho đến nay đã có trên 700 bộ gene của SARS-CoV-2 trên địa bàn TP.HCM được phân tích giải mã gene. Trong đó thành công đầu tiên của việc này là tìm ra mối liên hệ về sự lây lan giữa các ca bệnh của chùm bệnh tại quán bar Buddha (quận 2), có liên quan đến bệnh nhân 91.

Không chỉ thế, việc giải mã gene từ đó đến nay đã để lại nhiều dấu ấn, điển hình như việc chỉ mất 36 tiếng đồng hồ, các chuyên gia đã tìm ra biến chủng A23.1 (còn gọi là biến chủng Anh) từ ca mắc đi từ Hải Dương vào TP.HCM. "Sau khi xác định được đó là biến chủng Anh, thành phố đã triển khai truy vết trên diện rộng để sàng lọc các nhóm người có nguy cơ, từ đó mới xác định có liên quan trực tiếp đến chùm ca ở sân bay Tân Sơn Nhất. Rõ ràng từ việc giải mã gene đã giúp TP.HCM nhận diện, kiểm soát cơ bản dịch dịp Tết Tân Sửu" - PGS Tấn chia sẻ.

Hay mới nhất là việc xuất hiện cùng lúc các chùm ca mắc lẻ tẻ ở quận 7, TP Thủ Đức, quán bánh canh quận 3, nhóm truyền giáo Phục hưng... gây hoang mang trong cộng đồng. Cũng nhờ sự vào cuộc giải mã gene khẩn trương này đã góp sức giúp ngành y tế TP.HCM xâu chuỗi xác định được nguồn gốc lây đều do chủng Delta.

TS.BS Nguyễn Văn Vĩnh Châu (phó giám đốc Sở Y tế TP.HCM):

Giải mã gene để "biết người biết ta"

Trong bối cảnh mở cửa giao thương, việc kiểm soát dù có chặt chẽ đến đâu cũng có thể "lọt" mầm bệnh xâm nhập. Chúng ta có thể ngăn chặn được những người có triệu chứng ở sân bay, cửa khẩu; còn với người không có triệu chứng có thể không được phát hiện và phát bệnh sau đó tại cộng đồng.

Do đó việc giải mã trình tự gene của các bệnh nhân mắc COVID-19 không chỉ có ý nghĩa để ngăn chặn xâm nhập mà để kịp thời giám sát theo dõi, đồng thời có căn cứ khoa học công bố một cách chính thức, tránh tâm lý hoài nghi hoặc mơ hồ về biến chủng đang phải đối diện.

Bác sĩ CKII Nguyễn Thanh Trường (phó giám đốc phụ trách Bệnh viện Bệnh nhiệt đới TP.HCM):

Chưa ghi nhận Omicron ở TP.HCM nhưng không chủ quan

Cho đến nay chúng tôi chưa ghi nhận biến chủng Omicron xuất hiện ở TP.HCM, cũng như khu vực phía Nam. Dĩ nhiên đây là tín hiệu đáng mừng, bên cạnh việc số ca mắc, tử vong của TP.HCM có chiều hướng giảm. Tuy vậy không vì thế mà chủ quan, bởi biến chủng này đã xâm nhập sâu rộng tại nhiều quốc gia và việc xuất hiện ở TP.HCM chỉ là vấn đề thời gian.

Giải mã gene rất đắt đỏ

Với bệnh nhân mắc biến chủng Omicron đầu tiên ở Việt Nam về từ Anh nên Bệnh viện 108 đã thực hiện giải trình tự gene virus. Do biến chủng Omicron chứa đến 26 - 36 đột biến trong protein gai, trong đó có một số đột biến điểm, đột biến mất đoạn trong lần giải trình tự gene lần thứ nhất chưa cho kết quả rõ ràng. Đến ngày 21-12, Bệnh viện 108 lại lấy mẫu và giải trình tự gene lại, kết quả xác định bệnh nhân nhiễm chủng Omicron (B.1.1.529), với 34 đột biến protein gai. Theo một số chuyên gia, chi phí giải trình tự gene như kể trên là rất đắt đỏ, vì vậy chỉ thực hiện ở một số trường hợp để giám sát.

LAN ANH

Hiện nguy cơ lây ra cộng đồng rất thấp

Theo thông tin của Tuổi Trẻ, có 165 người đi cùng chuyến bay từ Anh ngày 19-12 với bệnh nhân, chuyến bay về trước thời điểm 1-1-2022 (áp dụng cách ly người nhập cảnh tại nhà) nên vẫn thực hiện cách ly tập trung người nhập cảnh.

Trong số hành khách, đã có trường hợp dương tính COVID-19 ngoài ca nhiễm chủng Omicron đầu tiên kể trên. Hành khách này ngồi ở vị trí khá xa so với bệnh nhân Omicron và hiện đang được giải trình tự gene để xem chủng virus cụ thể.

Tuy nhiên do tất cả chuyến bay đều được cách ly ngay sau khi nhập cảnh, nguy cơ lây lan ra cộng đồng là rất thấp.

Người dân quận Hoàng Mai, Hà Nội tiêm vắc xin ngừa COVID-19 - Ảnh: NAM TRẦN

Ứng phó với Omicron: mũi vắc xin tăng cường và 5K

Với tình hình biến thể Omicron đã xuất hiện ở trên 100 quốc gia và việc ghi nhận ca nhiễm đầu tiên từ Anh về Việt Nam, các chuyên gia thừa nhận khả năng Omicron sẽ vào Việt Nam bất kể lúc nào.

Trao đổi với Tuổi Trẻ, một lãnh đạo có trách nhiệm của Bộ Y tế cho biết có 3 điểm đáng chú ý ở ca COVID-19 nhiễm chủng Omicron. Đó là khả năng lây lan nhanh hơn; nguy cơ tái nhiễm ở người mắc COVID-19 đã khỏi bệnh, người đã tiêm đủ mũi vắc xin và điểm thứ 3 cũng rất đáng quan ngại, đó là "một chút" nguy cơ kháng vắc xin của biến chủng.

Ngoài ra, với riêng chủng Delta hiện tại hệ thống y tế đã quá tải. Tại Hà Nội, trong vòng 10 ngày nay ca mắc liên tục dẫn đầu cả nước, nhiều F0 có bệnh nền cũng điều trị tại nhà. Tại TP.HCM và nhiều tỉnh thành phía Nam, hệ thống y tế đã quá tải, phải điều động nhân lực từ nhiều tỉnh thành chi viện.

Mặc dù không nhiều ca mắc Omicron có biến chuyển nặng ở các quốc gia đã ghi nhận nhiều ca mắc chủng này nhưng một lãnh đạo Bộ Y tế vẫn khuyến cáo: "Theo nghiên cứu thì mũi vắc xin tăng cường có khả năng ngăn lây nhiễm tốt hơn. Bên cạnh đó là áp dụng 5K trong dịp cuối năm và Tết sắp đến. Đến nay vắc xin tăng cường và 5K vẫn là biện pháp tốt nhất".

LAN ANH

Nguy cơ nhập viện do Omicron thấp hơn Delta

Ngày 29-12, Tổ chức Y tế thế giới (WHO) xác nhận tỉ lệ ca nhiễm Omicron ở Nam Phi đã giảm 29%, tức đỉnh dịch đã trôi qua chỉ sau một tháng kể từ lần đầu phát hiện biến thể này (ngày 24-11).

Ngoài ra, dữ liệu ban đầu từ Nam Phi, Anh và Đan Mạch - những nơi Omicron chiếm ưu thế - đều cho thấy nguy cơ nhập viện do Omicron thấp hơn Delta. Từ đó, các chuyên gia có nhận định ban đầu: Omicron không còn là COVID-19 cũ.

Dự liệu BẢO ANH tổng hợp (WHO, NYT, Newsnodes...)

Omicron không còn là căn bệnh COVID-19 như chúng ta biết. Những cảnh tượng hãi hùng cách đây một năm... giờ chỉ là lịch sử.

Giáo sư Sir John Bell

Omicron đến, Delta ra đi?

Đây có lẽ là câu hỏi nhiều người thắc mắc và Viện Nghiên cứu sức khỏe châu Phi (AHRI, Nam Phi) mới công bố một phát hiện thú vị: những người nhiễm Omicron đã khỏi bệnh mang kháng thể chống lại biến thể Delta hiệu quả, nhưng kháng thể sinh ra do Delta lại chẳng mấy hiệu quả trước Omicron.

Theo báo New York Times, nếu các nghiên cứu sâu hơn xác nhận thông tin trên, tương lai đại dịch có thể không quá bi đát nữa. Về ngắn hạn, Omicron có thể khiến ca nhiễm tăng vọt, gây áp lực lớn lên nền kinh tế và hệ thống y tế khắp thế giới, nhưng về lâu dài, một thế giới do Omicron "thống trị" sẽ chứng kiến ít bệnh nhân nhập viện và tử vong hơn nếu so với kịch bản Delta tiếp tục hoành hành. "Omicron nhiều khả năng sẽ thay Delta. Có lẽ điều này thật sự tốt, vì chúng ta đang chứng kiến một biến thể dễ thích nghi hơn, không làm gián đoạn cuộc sống nhiều như các biến thể trước đây" - ông Alex Sigal, nhà virus học thuộc AHRI, nhận xét.

Các nhà khoa học độc lập thì đánh giá nghiên cứu của Nam Phi tuy còn sơ bộ nhưng khá vững chắc. Chẳng hạn, ông Carl Pearson, nhà dịch tễ học thuộc Trường Y học nhiệt đới và vệ sinh dịch tễ London, xác nhận các phát hiện trùng khớp với những gì đang diễn ra ở Anh khi Omicron xuất hiện và gia tăng nhanh chóng, song song đó Delta bắt đầu xu hướng đi xuống.

Ông Nathan Grubaugh, nhà dịch tễ học từ Trường Sức khỏe công cộng Yale (Mỹ), cho biết đang quan sát cùng hình mẫu dịch bệnh ở tiểu bang Connecticut. "Chúng tôi đang chứng kiến Omicron bùng nổ trong khi số ca nhiễm Delta lại giảm. Điều này gợi ý Omicron vượt trội so với Delta ở khả năng lây nhiễm, người đã khỏi Omicron đề kháng tốt hơn trước Delta, kết quả đẩy ca nhiễm Delta giảm xuống".

Tuy nhiên, các chuyên gia cũng lưu ý ngay cả khi kịch bản Omicron "xóa sổ" Delta xảy ra, điều này không có nghĩa Omicron sẽ "thống trị" mãi mãi vì khi phần lớn dân số đã có đề kháng với Omicron, quá trình chọn lọc tự nhiên sẽ sinh ra những đột biến khác, tạo ra những biến thể khác để né hệ miễn dịch.

Một phụ nữ mang khẩu trang đi ngang qua Nhà Trắng ở Washington ngày 27-12 - Ảnh: Reuters

Những kịch bản COVID trở thành bệnh đặc hữu

Theo báo The Guardian, Sir John Bell - giáo sư y khoa Đại học Oxford, cố vấn khoa học cho Chính phủ Anh - cho biết mặc dù số ca nhập viện ở Anh có tăng trong những tuần gần đây do biến thể Omicron lan rộng, căn bệnh dường như nhẹ hơn, ít bệnh nhân cần phải thở oxy dòng cao, thời gian nằm viện trung bình rút ngắn chỉ còn 3 ngày. Tương tự, Bộ trưởng Môi trường George Eustice chia sẻ: "Hiện tại, chúng tôi không thấy dấu hiệu nào cần phải can thiệp nhiều hơn những gì đã làm" - ông phát biểu trên Đài BBC.

Tùy vào đặc tính của virus SARS-CoV-2, nhà dịch tễ Carl Pearson dự báo có 3 kịch bản tương lai có thể xảy ra:

- COVID sẽ giống bệnh cúm, cứ mỗi mùa lại xuất hiện một biến thể mới thay thế biến thể cũ né tránh miễn dịch hiệu quả hơn.

- COVID sẽ giống bệnh sốt xuất huyết, với nhiều biến thể cùng tồn tại, mỗi loại né tránh các kháng thể khác nhau, mọi người có thể mắc bệnh vài năm một lần do một trong các biến thể đó.

- Đây là kịch bản tốt nhất nhưng khả năng thấp: biến thể duy nhất sẽ thống trị và COVID trở thành một căn bệnh dễ phòng tránh, giống như bệnh sởi ở trẻ em.

Nhìn chung, nhiều chuyên gia đầu ngành của thế giới đều xem Omicron là dấu hiệu cho thấy COVID bắt đầu theo quỹ đạo trở thành bệnh đặc hữu. Giáo sư Paul Hunter (ĐH East Anglia), nhà y học hàng đầu Vương quốc Anh và là cố vấn cho WHO, nhận định: "Đây là căn bệnh không bao giờ biến mất. COVID chỉ là một virus trong họ virus corona, các virus corona khác đều sinh ra biến thể mới mỗi năm. Gần như chắc chắn COVID cũng sẽ đi theo con đường đó và trở thành một tác nhân mới gây cảm cúm thông thường".

Delta vẫn là thủ phạm chính gây nhập viện ở Mỹ

Theo báo The Guardian, CDC Mỹ vừa điều chỉnh tính toán về sự hiện diện của biến thể Omicron, theo đó Omicron chỉ mới chiếm xấp xỉ 59% số ca COVID-19, không phải 73% như trước đó công bố. Sự điều chỉnh này cho thấy đến tuần lễ trước Giáng sinh, Delta vẫn là chủng virus trội ở Mỹ.

"Bỏ qua câu hỏi tại sao tính toán ban đầu chưa đúng, nếu dữ liệu mới của CDC về Omicron là chính xác, nó gợi ý rằng một tỉ lệ lớn số ca nhập viện chúng ta đang chứng kiến là do chủng Delta gây ra (không phải do Omicron - PV)" - bác sĩ Scott Gottlieb, cựu lãnh đạo Cơ quan Quản lý thực phẩm và dược phẩm (FDA), viết trên Twitter.

PHÚC LONG

Nguồn: Báo Tuổi trẻ Online

---